ماده ۵۳- به منظور ارتقای ایمنی و کیفیت خدمات حمل و نقل هوایی، ناوبری هوایی و فرودگاهی:
۱- سازمان هواپیمایی و شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران (مادر تخصصی و شرکت شهر فرودگاهی امام خمینی «ره») از نظر اداری، استخدامی، مالی و معاملاتی در چهارچوب اساسنامه‌هایی به پیشنهاد وزارت راه و شهرسازی و سازمان‌های اداری و استخدامی کشور و برنامه و بودجه کشور که حداکثر ظرف مدت سه ماه از تاریخ تصویب و ابلاغ این قانون به تصویب هیأت وزیران می‌رسد اداره می‌شوند.
۲- اعتبارات سازمان هواپیمایی کشوری (هزینه‌ای و سرمایه‌ای) از محل درآمدهای اختصاصی، کمک‌ها و سایر درآمدهایی که براساس تعرفه مصوب شورای عالی هواپیمایی با رعایت مواد (۳۸) و (۳۹) قانون محاسبات عمومی کشور وصول شود، تأمین می‌گردد.
۳- صد درصد (٪۱۰۰) درآمدهای شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران (مادر تخصصی و شرکت شهر فرودگاهی امام خمینی «ره») اعم از فروش خدمات و دارایی‌های شرکت، اختصاصی است و پس از واریز به حساب شرکت، افتتاح شده توسط خزانه‌داری کل کشور نزد بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران برای اجرای مأموریت‌های شرکت از جمله نوسازی سامانه‌های ناوبری هوایی و توسعه فرودگاه‌های کشور هزینه می‌شود.
۴- سازمان هواپیمایی و شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران (مادر تخصصی و شرکت شهر فرودگاهی امام خمینی «ره») مشمول ماده (۵) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقای نظام مالی کشور مصوب ۱/۲/۱۳۹۴ است. حکم این بند به ماده (۵) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقاء نظام مالی کشور مصوب ۱/۲/۱۳۹۴ اضافه می‌شود.
۵- مطالبات شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران (مادر تخصصی و شرکت شهر فرودگاهی امام خمینی «ره»)، موضوع تبصره (۲) ماده (۸۷) قانون اصلاح ماده (۸۷) قانون وصول برخی از درآمدهای دولت مصوب ۱۸/۱۱/۱۳۹۰ و ماده (۵۵) قانون تنظیم برخی از مقررات مالی دولت در حکم مطالبات مستند به اسناد لازم‌الاجراء می‌باشد و براساس آیین‌نامه اجرایی که حداکثر ظرف مدت شش ماه از تاریخ ابلاغ این قانون به پیشنهاد شرکت مذکور و تصویب وزرای راه و شهرسازی و دادگستری می‌رسد، قابل وصول می‌باشد تا تصویب آیین‌نامه مزبور احکام این ماده توسط مأموران اجرای احکام دادگستری اجراء می‌شود.